La ligne Maginot est occupée prioritairement, fin Aout 1939, par les troupes de forteresse pour permettre une mobilisation sans surprise du reste de l'armée. Ce rôle est rempli pour l'essentiel mi-Septembre 1939 : le pays est en ordre de bataille et lance même une timide offensive dans la Sarre fin Septembre sans que l'ennemi ne réagisse.
Ces soubresauts initiaux étant passés, le front s'installe dans un calme général à peine troublé par des escarmouches de frontière et quelques échanges d'artillerie. C'est la période dite de "drôle de guerre". Les troupes de forteresse occupant casemates et ouvrages complètent leur entrainement et améliorent leurs fortifications, les troupes d'intervalle (de forteresse ou non) coulent de leur côté des milliers de blockhaus et posent des centaines de kilomètres de barbelés et rails antichar dans les zones mal couvertes. Durant cette période, le front fortifié voit cependant plusieurs réorganisations successives liées aux insertions d'unités d'intervalle ou aux déplacements de limites entre armées. La plus importante advient en février-mars 1940 et se traduit par un rattachement de facto des unités de forteresse - relativement autonomes jusqu'alors - aux grandes unités d'intervalle.
L'offensive du 10 Mai 1940 sur le Luxembourg, la Belgique et les Pays-Bas marque le tournant de la période et une forme d'aboutissement de la finalité de la ligne Maginot puisque, comme le prévoyait le commandement français, elle avait rempli son rôle de dissuasion en forçant l'ennemi à passer par la Belgique. La réponse longuement préparé à cela était le plan Dyle-Breda, et l'entrée en force des armées alliées en Belgique pour porter secours au pays agressé. Le piège se referme quand, entre les 13 et 15 Mai 1940, les blindés allemands franchissent la Meuse de vive force en plusieurs points entre Sedan et Dinant, zone tenue par la 9° Armée française, troupes de 2ème ordre peu aguerries et mal équipées servant une fine ligne de blockhaus légers.
Le 16 Mai, c'est la percée de la ligne de blockhaus entre Anor et Trélon. Entre le 18 et le 23 Mai, les allemands prennent les petits ouvrages autour de Maubeuge, non couverts par de l'artillerie de forteresse, ainsi que les casemates isolées de la forêt de Mormal. Le 23 Mai, l'ouvrage des SARTS, dernier à résister, dépose les armes après une résistance notable. Les 24 et 25 Mai, les casemates de la forêt de Raismes sont à leur tour neutralisées, puis le 26 Mai le petit ouvrage isolé d'ETH et sa casemate mitoyenne.
Autre événement tragique, la chute de l'ouvrage de la FERTE. Le repli sur ordre des troupes au sud de Sedan le 15 Mai met le petit ouvrage de la FERTE en première ligne. Après la chute du village fortifié de Villy le 18 Mai, la FERTE est bombardé lourdement puis attaqué de vive force. Uniquement protégé à limite de portée par l'ouvrage mixte du CHESNOIS, la FERTE est rapidement coiffé et ses armes détruites. L'équipage complet meurt asphyxié au fond de la galerie le matin du 19 Mai. Ce drame sera amplement utilisé par la propagande allemande.
Du 20 Mai au 1er Juin 1940, les défenses fortifiées entre Valenciennes et la mer du Nord n'opposent pas vraiment de résistance, progressivement abandonnées par leurs troupes occupantes, en pleine retraite. Les dizaines de milliers de mètres cubes de béton coulés là n'auront pas servis.
Le front d'Alsace-Lorraine reste relativement calme jusqu'au 10 Juin, les allemands mettant leur priorité sur le Nord, la Somme, l'Aisne puis la Champagne. La pression monte cependant progressivement, avec le repli des avant-postes et le rapprochement des unités allemandes de la LPR. La situation catastrophique dans le Nord amène le commandement français à retirer progressivement un bon nombre d'unités de renforcement le long de la frontière allemande, ne laissant sur place que le minimum.
Le repli s'accélère avec l'abandon des fortifications de la tête de pont de Montmédy et du plateau de Marville après sabotage entre les 11 et 13 Juin. Le 13 Juin, l'ordre général de repli des troupes de l'Est, incluant les troupes de forteresse, est donné. Les allemands ne restent pas inactifs et préparent en parallèle deux offensives importantes sur les secteurs les moins puissants de la ligne Maginot, la Sarre (Opération Tiger) et le Rhin (opération Kleiner Bär).
Le 14 Juin, la 1ere Armée allemande attaque massivement sur la Sarre, mais est contenue toute la journée dans un contexte de repli des troupes françaises. Ce succès défensif est de courte durée car la ligne de la Sarre, évacuée dans la nuit, est percée le 15.
Ce même jour, le Rhin est franchi par la 7e Armée allemande. Après une résistance de deux jours, les lignes de défense sont percées là encore. Le 17 Juin, les blindés ennemis atteignent le Jura sur les arrières et remontent vers Belfort. L'ensemble des armées de l'Est est encerclé en Lorraine et dans les Vosges. Sur l'ancienne LPR seuls demeurent les éléments de forteresse dans les ouvrages et casemates, laissés en couverture du repli général, et qui sont progressivement contournés par l'armée ennemie et encerclés dés le 19 Juin. Ce même jour, la 215° ID allemande perce la fine ligne de blockhaus des Vosges, non soutenue, et contourne le secteur fortifié de Haguenau.
Jusqu'au 25 Juin, date du cessez-le-feu, les zones puissantes mais encerclées de la ligne Maginot résisteront à l'adversaire, alors que celui-ci défile à Paris, puis Lyon, Clermont-Ferrand, Brest et Bordeaux. Quelques attaques d'ouvrages ou de casemates seront réalisées par les allemands:
- en vain dans les zones équipées d'artillerie de forteresse (ouvrages de FERMONT, MICHELSBERG, EINSELING, casemates d'ASCHBACH-OBERROEDERN),
- mais avec succès dans les zones non couvertes aux extrémités du secteur de la Sarre. Chuteront ainsi les ouvrages de BAMBESCH (19 Juin), KERFENT (20 Juin), HAUT-POIRIER (21 Juin) et WELSCHHOF (24 Juin).
L'ensemble des secteurs FERME-CHAPPY - MOTTENBERG, EINSELING-TETING, ROHRBACH-GRAND HOHEKIRKEL et LEMBACH-RHIN atteindront l'armistice invaincu, mais verront leurs troupes envoyées en captivité en conformité avec les clauses de l'accord d'armistice.